Beliau adalah ahli skuad kebangsaan Malaysia dan bekas Malaysia Bawah-20. Beliau telah melibatkan diri di dalam Kejohanan Remaja Persekutuan Bola Sepak ASEAN 2006 dan Kejohanan Remaja Persekutuan Bola Sepak ASEAN 2007. Beliau juga telah bermain di dalam Trofi Hassanal Bolkiah 2007. Pada tahun 2008, Ahmad Fakri telah dipinjamkan ke Harimau Muda, sebuah pasukan Liga Premier Malaysia yang terdiri daripada ahli-ahli pasukan bola sepak kebangsaan Malaysia bawah-20.

Pada bulan November 2010, jurulatih Malaysia, K. Rajagopal telah memanggil Fakri untuk Piala Suzuki AFF 2010, tetapi kemudian diketepikan akibat cedera semasa Sukan Asia 2010 dan digantikan oleh Mohd Ashaari Shamsuddin.

Fakri turut bermain untuk pasukan Malaysia pada Sukan Sea ke-26 di Indonesia. Walaupun timbul pelbagai kontoversi berhubung prestasi beliau, Fakri akhirnya berjaya membawa Malaysia ke peringkat akhir di mana beliau telah menjaringkan gol kemenangan Malaysia semasa menentang Myanmar pada peringkat separuh akhir, Malaysia menang 1-0. Pada peringkat akhir menentang Indonesia dimana kemenangan terpaksa ditentukan melalui sepakan penalti. Fakri merupakan antara 5 orang yang melakukan sepakan tersebut bersama Mahali Jasuli, Fandi, Mohd Fadhi Mohd Shas dan Baddrol Bakhtiar. Namun, sepakan beliau berjaya diselamatkan oleh penjaga gol Indonesia. Malaysia menang dengan keputusan 5-4.